Необходимо провести различие между соглашением о свободной торговле и таможенным союзом. В рамках любого таможенного союза, страна отказывается от правоспособности проводить собственную торговую политику в пользу коллегиального органа, начиная с управления импортными и экспортными пошлинами и так называемого Общего внешнего тарифа, покрывающего, в том числе, таможенные доходы и другие компоненты. Более того, в более углубленном формате таможенного союза, может возникнуть попытка объединить некоторые (или все) аспекты, связанные с режимами, регулирующими торговлю, такие как санитарные или промышленные нормы.
Поскольку ЗСТ регулирует лишь тарифы, а государство сохраняет суверенитет в отношении собственного тарифного режима, возможный таможенный союз вызывает обеспокоенность, поскольку, в этом случае, страна-партнер более не обладает эксклюзивным контролем над своей тарифной политикой, и может возникнуть значительная несовместимость между либерализацией торговли, оговоренной в рамках ЗСТ с ЕС, и политикой Таможенного союза. В том, что касается аспектов регулирования, они зависят от того, насколько положения, принятые на уровне Таможенного союза, совместимы с европейскими и/или международными стандартами. Поскольку сосуществование регулирующих режимов в рамках одной юрисдикции проблематично, разногласия в этой области делают сосуществование DCFTA несовместимым с присоединением к Таможенному Союзу.
Сквозь призму подробного анализа, текущие европейские рамки и практика Таможенного союза должны быть, в принципе, совместимы с концепцией ВТО (благодаря вступлению России), но, на практике остается много пробелов, а вектор реформ неясен и лишь частично основывается на стандартах ЕС.