Правила происхождения УВЗСТ (Протокол II с последующими изменениями для согласования с правилами происхождения Конвенции Пан-Евро-Мед) вносят некоторые новые элементы в преференциальную торговлю между ЕС и РМ, которые не были отражены в АТП, в частности:
- Запрет «возврата» или освобождения от уплаты таможенных пошлин;
- Возможность получения статуса уполномоченного экспортера для молдавских экономических агентов (АТП предусматривали такой статус только для экспортеров ЕС)
- Возможность диагональной кумуляции с другими странами Пан-Евро-Средиземноморского региона, с которыми у ЕС и Молдовы подписаны соглашения о свободной торговле, содержащие одинаковые правила происхождения
- Возможность для молдавской таможни запрашивать таможенные органы стран ЕС провести последующую проверку доказательств о происхождении, выданных в ЕС.