Trebuie să facem distincția între un acord de liber schimb și o uniune vamală. În orice uniune vamală, o țară își cedează capacitatea de exercitare a propriei politici comerciale în favoarea organismului comun, începând cu gestionarea drepturilor de import și export și așa-numitul Tarif Extern Comun, care acoperă, inclusiv, veniturile vamale și alte componente. În plus, într-un tip mai aprofundat de uniune vamală ar putea interveni o tentativă de a unifica unele (sau toate) aspectele legate de regimurile de reglementare a comerțului, cum ar fi reglementările sanitare sau industriale.
Întrucât o ZLS reglementează doar tarifele și statul își păstrează suveranitatea asupra propriului regim tarifar, o uniune vamală provoacă îngrijorare, deoarece țara parteneră nu mai deține în exclusivitate controlul asupra politicii sale tarifare și ar putea exista incompatibilitate semnificativă între liberalizarea comerțului convenit în cadrul ZLS cu UE și politica Uniunii Vamale. În ceea ce privește aspectele de reglementare, acestea depind de faptul dacă regulamentele adoptate la nivelul Uniunii Vamale sunt compatibile cu standardele UE și / sau internaționale. Întrucât coexistența regimurilor de reglementare în cadrul unei jurisdicții este problematică, divergențele în acest domeniu fac orice coexistență a DCFTA cu aderarea la Uniunea Vamală incompatibilă.
Prin prisma unei analize detaliate, cadrul curent european și practica din cadrul Uniunii Vamale ar trebui să fie, în principiu, compatibile cu modul de concepere a reglementărilor OMC (datorită aderării Rusiei), dar, în practică, persistă mai multe lacune, iar vectorul reformator este neclar și doar parțial bazat pe standardele UE.