La etapa preparatorie, agentul economic trebuie să completeze Chestionarul de autoevaluare de forma stabilită care se depune împreună cu cererea de solicitare a statutului AEO. Chestionarul este un document complex, și completarea acestuia necesită timp și implicarea mai multor angajați ai întreprinderii. Acest exercițiu este obligatoriu și totodată foarte util pentru compania, fiind permite autoevaluarea obiectivă privind corespunderea cerințelor AEO.
Cererea însoțită de chestionar și alte documente ce confirmă respectarea condițiilor statutului AEO sunt examinate de vama, timp de 2 luni. În această perioada de timp vama nu doar verifica acte prezentate, dar analizează riscurile și efectuează auditul companiei, care presupune vizita la sediul solicitantului și verificarea de facto a corespunderii cerințelor. Scopul auditului constă în principiu în cunoașterea procedurilor interne ale companiei și acoperă, în special, verificarea organizării interne, contabilității, logisticii, subdiviziunilor administrative, operaționale și organizatorice, în scopul de a elimina în fiecare din aceste zone toate acele elemente care sunt incompatibile cu acordarea și deținerea ulterioară a statutului AEO. În procesul de audit vama oferă consultații și recomandări privind conformarea cerințelor, ceea ce permite înlăturarea unor neajunsuri depistate. În acest sens trebuie de diferențiat auditul în scopul AEO de auditul post vămuire, care se efectuează, în vederea verificării respectării legislației vamale de către companiile identificate în baza analizei de risc.
Urmare concluziilor auditului AEO se eliberează Autorizația AEO, care se emite pe o perioada nelimitată. Cu toate acestea, vama monitorizează activitatea AEO, și în caz de nerespectare a condițiilor, autorizația poate fi suspendată sau retrasă.